bash のプロンプトに色を付けると history 表示がずれる問題を解決する。

オチから書くと、色を弄るときは tput を使うのが良いみたいです。

export PS1='\[$(tput bold setaf 3)\][\u@\h:\W]\$ \[$(tput sgr0)\]'

これを \e を用いて以下のようにエスケープシーケンスを直接書き込むと、コマンドヒストリを遡った際に表示が数文字ずれます。大変残念な結果になります。

export PS1='\e[1;33m[\u@\h \W]\$ \e[m'

色指定の方法は以下のページを tput でページ内検索して頂くのがよさげ。
http://www.cyberciti.biz/faq/bash-shell-change-the-color-of-my-shell-prompt-under-linux-or-unix/